В ЦКБ-39 в 1939–1041 годах была проведена и более глубокая модернизация фиумской торпеды 53-Ф. Результатом этого стало принятие на вооружение в июле 1941 года скоростной торпеды 53–39. Она имела более мощную, чем торпеда 53–38, поршневую машину, больший запас воздуха, керосина и масла и при той же дальности хода обладала скоростью на 6 узлов больше, нежели торпеды 53-Ф. Но в серийное производство торпеда 53–39 не пошла, и на флот поступило лишь небольшое количество этих торпед, а в боевых действиях применили всего 18 из них.